วันที่ 24 ธันวาคม 64 เวลา 11.30 น นายศุภภัทร์พจน์ นิติศศธร นายกสมาคมไวยาวัจกรแห่งประเทศไทย เดินทางไปยื่นร้องเรียนเจ้าคณะกรุงเทพมหานคร ที่วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ แขวงพระบรมมหาราชวัง เขตพระนคร กรุงเทพมหานคร
กรณีที่เกิดข้อพิพาทกันระหว่างเจ้าอาวาสวัดจันทร์ในกับพระลูกวัดที่เป็นข่าวทำอารยะขัดขืนคำสั่งเจ้าอาวาส เพื่อให้เจ้าคณะ กทม.ไปตรวจสอบข้อเท็จจริง (พร้อมกับมอบหลักฐานที่มีการยื่นหนังสือร้องเรียนที่สำนักพุทธ ร้องพระชั้นผู้ใหญ่ที่มีการแต่งตั้งเจ้าอาวาสวัดจันทร์ใน ในรูปปัจจุบันมาดำรงตำแหน่ง ซึ่งเรื่องดังกล่าวได้มีการไปร้องทุกข์ที่กองปราบ ว่าผู้ที่แต่งตั้งอาจจะทำการโดยมิชอบ อันจะส่งผลให้เจ้าอาวาสที่ถูกแต่งตั้งมานั้นอาจขาดคุณสมบัติเป็นเจ้าอาวาส )
สืบเนื่องจากนายยศุภภัทร์พจน์ นิติศศธร นายกสมาคมไวยาวัจกรแห่งประเทศไทย ได้ยื่นร้องเรียนสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ขอให้สอบสวน ตรวจสอบพระสังฆาธิการ จำนวน 4 รูป กรณีแต่งตั้งเจ้าอาวาส รองเจ้าอาวาสวัดจันทร์ในโดยไม่ถูกต้องตามกฎหมาย พระธรรมวินัย จารีตประเพณี นั้น
ต่อมา สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติได้ส่งเรื่องร้องเรียนให้กับเจ้าคณะภาค 1 และเจ้าคณะภาค 1 ได้ตั้งกรรมการขึ้นมาสอบสวนโดยมีรองเจ้าคณะ ภาค 1 เป็นประธานคณะกรรมการสอบสวน เจ้าคณะกรุงเทพมหานคร และพระเถระอีกหลายรูปเป็นคณะกรรมการสอบสวน ซึ่งนายศุภภัทร์พจน์ นิติศศธร ผู้ร้อง ได้เข้าให้ปากคำกับคณะกรรมการเสร็จสิ้นแล้ว ขณะนี้อยู่ระหว่างรอผลการสอบสวน
การที่พระสังฆาธิการ จำนวน 4 รูป แต่งตั้งเจ้าอาวาสและรองเจ้าอาวาสโดยไม่ถูกต้องข้างต้นนั้น เป็นเหตุให้เจ้าอาวาสวัดจันทร์ในรูปปัจจุบันไม่เป็นที่ยอมรับของพระสงฆ์ส่วนใหญ่และคณะพุทธศาสนิกชนรอบวัดจันทร์ใน เนื่องจากเจ้าอาวาสดังกล่าวนั้นมาจากผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดอื่นซึ่งไม่ได้เกี่ยวข้องใดๆกับจันทร์ใน ทำให้เกิดความไม่สงบ ขัดแย้งภายในวัดจันทร์ในตลอดมา เช่น
1.เดิมทีการสวดปาฎิโมกข์ จะต้องให้พระผู้ทรงปาฏิโมกข์หรือพระผู้สวดปาฎิโมกข์จากวัดจันทร์ในคือ ดร.พระมหาวีรวงส์ เมื่อเจ้าอาวาสวัดจันทร์ในรูปใหม่มาดำรงตำแหน่ง มีการเรียกประชุมพระสงฆ์ในวัดจันทร์ในหารือว่าจะใช้พระสงฆ์รูปใดเป็นพระผู้ทรงปาฎิโมกข์ พระสงฆ์ในวัดจันทร์ในทั้งหมดเห็นพ้องต้องกันว่าควรให้ดร.พระมหาวีรวงส์ เป็นพระผู้ทรงปาฎิโมกข์ดังเช่นเคยปฎิบัติมาทุกๆปี มีเพียงพระสงฆ์เพียง 2 รูปเท่านั้นที่เห็นว่าควรให้พระสงฆ์จากวัดอื่นมาเป็นพระผู้ทรงปาฎิโมกข์ แต่เจ้าอาวาสรูปใหม่กลับให้พระจากวัดอื่นมาเป็นผู้ทรงปาฏิโมกข์ ซึ่งขัดกับเสียงส่วนใหญ่
2.ในการอุปสมบทพระใหม่ เดิมทีจะใช้พระคู่สวดหรือพระกรรมาวาจาจารย์จากวัดจันทร์ใน แต่พอเจ้าอาวาสรูปใหม่มาดำรงตำแหน่งกลับใช้พระจากวัดอื่น
3.ในกรทำวัตรเย็น เดิมทีประเพณีปฎิบัติของพระสงฆ์วัดจันทร์ในจะทำวัตรเย็นเวลา 17.00 น. แต่พอเจ้าอาวาสรูปใหม่มาดำรงตำแหน่งกลับเปลี่ยนมาทำวัตรเย็นเวลา 16.00 น.
พระสงฆ์ในวัดจันทร์ในเกือบทั้งวัดไม่เห็นด้วยกับเจ้าอาวาวรูปใหม่ในการทำวัตรเวลา 16.00 น.อีกทั้งไม่ยอมรับในตัวเจ้าอาวาส จึงทำวัตรเย็นเวลา 17.00 น.เช่นเดิม เป็นเหตุให้เจ้าอาวาสรูปใหม่ไม่พอใจ เมื่อกลุ่มเจ้าอาวาส 4 ถึง 5 รูป ทำวัตรเย็นเสร็จจึงได้ทำการปิดประตูโบสถ์เพื่อไม่ให้พระสงฆ์ส่วนใหญ่วัดจันทร์ในสิบกว่ารูปเข้าไปทำวัตรเย็นโบสถ์
เมื่อเป็นดังนั้น แม้พระสงฆ์ส่วนใหญ่ในวัดจันทร์ในจะไม่ยอมรับเจ้าอาวาสใหม่ แต่ก็ต้องทำกิจของสงฆ์อย่างเคร่งครัด จนได้ทำวัตรเย็นหน้าโบสถ์ วันต่อมาเจ้าอาวาสรูปใหม่จึงสั่งให้ปิดประตูโบสถ์ พระสงฆ์ส่วนใหญ่ในวัดจันทร์ใจจึงทำวัตรเย็นหน้าโบสถ์ ภายในรั้วกำแพงโบสถ์ เจ้าอาวาสรูปใหม่เห็นดังนั้นไม่พอใจ จึงสั่งให้ปิดรั้วกำแพงโบสถ์ พระสงฆ์ส่วนใหญ่จึงได้ทำวัตรเย็นนอกรั้วโบสถ์
การทำวัตรเย็นนอกรั้วโบสถ์เป็นข่าวแพร่กระจายไปตามสื่อมวลชนต่างๆ เนื่องจากไม่เคยมีมาก่อน ข่าวบางสำนักเช่นข่าว ช่อง ๘ ข่าวช่องเวิร์คพ้อยท์ เสนอข่าวไม่ตรงกับความจริงโดยเสนอข่าวด้านเดียวว่าพระส่วนใหญ่ในวัดจันทร์ในทำอารยะขัดขืน ไม่ทำตามคำสั่งเจ้าอาวาส ซึ่งแท้จริงแล้วต้องค้นหาความจริงว่าเหตุใด
พระสงฆ์ส่วนใหญ่ในวัดจันทร์ในถึงไม่ยอมรับเจ้าอาวาส และคำสั่งเจ้าอาวาสให้กำหนดให้ทำวัตรเวลาใด ชอบด้วยกฎหมายคณะสงฆ์และพระธรรมวินัยหรือไม่
นายกสมาคมฯ ต้องการให้พระผู้ใหญ่ลงมาดูแลเพื่อให้เกิดความเรียบร้อยและเร่งพิจารณาข้อร้องเรียนซึ่งได้มีการตั้งกรรมการพิจารณานานมากแล้ว เพราะหากปล่อยเนิ่นช้าไปอาจเกิดปัญหามากมายจนไม่อาจแก้ไขได้
ทั้งนี้ พระสุวิมลธรรมาภรณ์ (สุรศักดิ์ ธมฺมรํสี ป.ธ.5) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ราชวรมหาวิหาร เจ้าคณะแขวงพระบรมมหาราชวัง กทม. ได้รับหนังสือขอให้ตรวจสอบกรณีที่เกิดข้อพิพาทกันระหว่างเจ้าอาวาสวัดจันทร์ในกับพระลูกวัด จาก นายศุภภัทร์พจน์ นิติศศธรแล้ว และทำการส่งหนังสือดังกล่าวไปให้แก่เจ้าคณะกรุงเทพมหานครตามสายการปกครอง เพื่อดำเนินการพิจารณาต่อไป อย่างไรก็ตาม เรื่องนี้คงต้องให้เป็นไปตามกระบวนการพิจารณาของเจ้าคณะปกครองดำเนินการต่อไป.